指纹鉴定，百年以来作为一门侦查技术，在打击犯罪保护人权方面起了巨大的作用，但它并不是完美无缺的，一系列的事实表明，在具体运用的时候，指纹鉴定受到了各种主客观条件限制，稍有不慎，就有可能出现差错。
在以认真负责的态度对待指纹鉴定的情况下，笔者认为指纹鉴定仍是刑事侦查中可依赖的技术之一。
首先，指纹鉴定人员要有敬业精神、工作认真细致，不能敷衍塞责。要做到这一点，仅期望于鉴定人的良心是不可靠的，因此就需要引入最关键的一点：这就是需要赋予被告人制约鉴定人的权利，防止其滥用鉴定权。
其次，应树立质证意识，杜绝仅凭指纹鉴定这一孤证来认定犯罪，确立刑诉法确立的任何证据都要查证属实的证据意识，只有在证据之间形成完整的证据锁链、排除合理怀疑的情况下才能据以定案。
最后，在实践中牢固树立真理的相对性原则。鉴定结论的科学性是相对的，并不是毋庸置疑的绝对真理，它的科学性既受到鉴定人的技术水平、敬业精神等主观因素的制约，也受到验材、仪器等客观条件的限制，而在司法实践中因鉴定结论错误导致的错案并不鲜见。
我国《刑事诉讼法》第121条规定：侦查机关应当将用作证据的鉴定结论告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。这一规定充分体现了以当事人权利制约鉴定人的精神，对保证案件质量有着重要的意义，但该规定在实践中并没有得到很好的实施。
不告知的原因往往是：一、以侦查工作需要保密为借口，而不告知;二、怕重复鉴定，增加费用支出;三、验材消失，使得重新鉴定成为不可能，同时也就失去了告知的意义(比如凶杀案件中，一经鉴定即将尸体火化，使得复检没了可能)。归根到底，不告知案件当事人重新或补充鉴定的权利，骨子里还是迷信鉴定结论的科学性，认为不需要告知，从而使有关当事人失去了对错误鉴定要求复核的救济权利。
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